Les Projets Virus

Rôle des petits ARNs et expression des principaux gènes de la voie du silencing au cours de l’infection du RYMV

Résumé du projet 

Le silencing ou l’extinction des gènes est un mécanisme essentiel pour la régulation des gènes, pour le maintien de l’intégrité du génome, et une composante  importante du système immunitaire des plantes.

Ce mécanisme au travers de la production de petit ARNs de 21 -24 nts cible de façon spécifique des ARNs complémentaires qui sont ensuite dégradés. Dans ce projet, nous investiguons le rôle du silencing à plusieurs niveau :

1-Est-ce que les petits ARNs viraux produits au cours de l’infection ont un rôle au cours de l’infection du virus de la panachure jaune du riz ? A partir d’une analyse in silico sur le génome du RYMV, 5 cibles ont été identifiées comme potentiellement  dérégulées par le virus à partir des siRYMV de 21 et 24 nts. Dans ce projet nous validerons la diminution d’expression de ces cibles au cours de l’infection.

2-Est-ce que les mi et siRNA du riz sont manipulés au cours de l’infection et particulièrement par la protéine P1 ? Un premier séquençage NGS a été réalisé sur des apex de plantes transgéniques qui sur-expriment P1TZ3 et P1MG1 versus des plantes non transgéniques. Une liste de petits ARNs de 21 et 24 ont été identifiés sur leur surexpression ou leur sous- expression. Dans ce projet nous validerons cette dérégulation part RT-PCR sur des plantes infectées.

3- Est-ce qu’au cours de l’infection certains gènes de la voie du silencing sont particulièrement touchés. Nous avons identifié les principaux gènes impliqués. Dans ce projet nous suivrons l’expression de ces gènes au cours de l’infection sur 3 génotypes Glaberrima sensible, tolérant et résistant. En fonction des résultats nous réaliserons la même expérience sur des plantes infectées par Xoo, Xoc, et Pyrri.

Résultats attendus et effets de levier: rôle du silencing dans l’infection, des nouvelles cibles et identification de marqueurs de l’infection,  mise en évidence du rôle du silencing dans les synergies d’infection entre différents pathogènes. Si les résultats obtenus sont positifs nous pourrons alors appliqués pour des appels d’offres du type ANR-bioadapt ou similaire.

Localisation Kamboinsé, Génotypes ? 

Manip: RT-PCR, oligonucléotides

 

Responsables du projet : S Lacombe, M Bangratz, C Brugidou

Financement : LMI Patho Bios

Demande associée : Etudiant Master Université de Ouaga ou Bobo